Im Höhepunkt des Wallfahrtsgeschehen ließ Abt Wolfgang Marius von Aldersbach von 1515 bis 1518 einen geräumigen Chor anbauen und stattete die Kirche mit sieben Altären aus. In den folgenden Jahrhunderten ließen Glaubensspaltung, Dreißigjähriger Krieg und Pestnot die Wallfahrt zum Erliegen kommen. Erst im 18. Jahrhundert belebte das Zeitalter des Barocks die Wallfahrt wieder, allerdings in kleinerem Umfang als im Spätmittelalter. Als Folge erhielt der geräumige spätgotische Innenraum mit einem Netzrippengewölbe eine prächtige Barockausstattung.
Im Jahre 1708 schufen der ortsansässige Schreiner Michael Jörg, der Bildhauer Thomas Stöber von Pfarrkirchen und der Maler Johann Paul Vogl aus Altötting den stattlichen Hochaltar. Das Altarbild zeigt die Hl. Dreifaltigkeit. Im Aufzug ist der Hl. Michael mit dem Flammenschwert und der Seelenwaage dargestellt. Links und rechts von ihm befinden sich zwei besonders hübsche Reiterfiguren des Hl. Georg mit dem Drachen und des Hl. Martin mit dem Bettler.
Im Mittelpunkt des Altares ist das Gnadenbild, eine gotische Holzmadonna mit dem Kind um 1400. 1779 schuf der berühmte Rokokobildhauer Joseph Deutschmann aus Passau den prunkvollen Schrein. Beidseitig des Altares stehen große Statuen der hl. Johannes der Täufer, Zacharias, Elisabeth und Bernhard.
Alle diese Heiligen haben eine besondere Beziehung zur Gottesmutter. Den Altarstipes fertigte 1763 der Kößlarner Stukkateur Johann Baptist Modler, der auch zum 400jährigen Bestehen der Wallfahrt 1764 den Rahmen mit Muschelwerk für ein lateinisches Wallfahrtsgedicht an der südlichen Chorseite schuf.
Um den Hochaltar befinden sich Schaukästen mit zahlreichen Silbervotivgaben. Darüber befindet sich ein Bild der Hl. Anna. Das älteste Votivbild über der Sakristeitür aus dem Jahr 1669 zeigt, wie auf die Fürbitte Mariens eine schlimme Viehseuche abgewendet wurde.
Links im Chorraum steht der Johannesaltar mit der bildlichen Darstellung der Taufe Jesu im Jordan und mit Johannes den Evangelisten im Aufzug. Die bemerkenswerten Statuen des Hl. Nikolaus und des Hl. Valentin werden dem bekannten Bildhauer Wenzel Jorhan aus Griesbach zugeschrieben.
Rechts im Chorraum befindet sich der Leonhardialtar mit dem Hl. Bernhard von Clairvaux im Aufzug. St. Leonhard wird in Bayern oft als Schutzpatron des Viehs verehrt. Beidseitig des Altarbildes befinden sich die Diakone und Martyrer St. Stephanus mit Buch und Steinen und St. Laurentius mit Rost. Im Chorbogen hängt ein großes corpustragendes Kreuz aus dem 16. Jahrhundert.
Der Sebastianialtar steht im südlichen Seitenschiff. Er wurde 1713 von den Kößlarner Bürgern wegen der zahlreichen von der Pest verursachten Todesfälle versprochen. Der Altar zeigt Bilder der Pestheiligen Sebastian und Rochus. Einem Gelübde nach wird heute noch eine Prozession zu Ehren des Hl. Sebastian Mitte Januar (Namenstag am 20. Januar) durchgeführt. Die Apostelfürsten Petrus und Paulus flankieren das Altarbild.
Das nördliche Seitenschiff beherbergt den Florianialtar. Das Altarbild von Albert Mändl weist auf den großen Marktbrand im Jahre 1864 hin. Im Aufzug ist der Hl. Josef mit dem Jesuskind dargestellt. Neben dem Altarbild befinden sich die Aposteln Simon und Judas Thaddäus, darunter eine Skapuliergruppe aus dem Jahre 1912.
Beachtenswert ist das gotische Kreuzigungsrelief aus dem Jahre 1451 im linken Seitenschiff. Übrigens wurden die beiden Seitenschiffe erst 1897/98 angebaut. Sie steigern die Raumwirkung in erheblichen Maße. Die Kanzel stammt aus dem 17. Jahrhundert. Die Empore von Michael Jörg zeichnen reiche Arkanthus-Schnitzereien aus.
Die Orgel mit einem schlichten barocken Gehäuse stammte ursprünglich aus der Werkstatt von Ignaz Egedacher aus Passau, wurde aber mehrmals umgebaut.
Unter der Empore befindet sich ein Votivraum. Darin sind die Silbermadonna von 1488, der spätgotische Palmesel (bis zur Aufstellung im neu zu errichtenden Kirchenmuseum), der neue Palmesel, ein gotisches Pestkreuz, ein Heiland an der Geißelsäule, rund 160 Votivtafeln und andere Exponate zu besichtigen.
In der Rückseite der Kirche befindet sich die Seelen- und Josephskapelle. Beachtenswert sind auch 14 Grab- und Gedenksteine an den Wänden.
Die Pfarr- und Wallfahrtskirche wird von einem rund 50 Meter hohen Turm mit einer Zwiebelkuppel vom Jahre 1731 überragt.
